本发明公开了一种用于测量水深变化影响的方法及装置，首先准备两份相同的样品，测得初始值；其次是向压力罐中加入蒸馏水，将样品放入压力罐内；对照样放入遮光容器内；第三是加上塑料夹垫，盖上罐盖；第四是向容器内加气；第五是取样，测量在不同的时间水深的影响；最后是取出样品及对照样，测得最终值。该装置包括氮气瓶、无锈钢细管、放气阀，氮气瓶连接减压表，无锈钢细管连接进气孔，三夹夹头固定在桌子上，三夹夹头将压力罐罐体固定，压力罐罐盖与压力罐罐体连接。本发明方法简单，操作方便，能够准确测量水体、沉积物－水界面及沉积物中元素的迁移转化和微生物受到水深变化的影响，装置结构简单，测定方便。