本发明公开了一种从柑桔类果皮中提取桔子油和果胶的方法。采用微波辅助水萃取技术处理果皮原料，然后真空抽滤，滤液用有机萃取剂提取桔子油，滤渣用来提取果胶。由于微波强烈的热效应，原料很快就会加热至沸腾状态，从而使果胶酶充分钝化，这样可以省去果胶提取时必须的果胶酶钝化步骤；可使后续果胶提取率大大增加，在果胶提取工艺中采用了微波辅助浸提工艺，并在酸提的同时采用离子交换树脂吸附金属阳离子，从而加速原果胶的溶解，提高果胶的质量和产率。在桔子油生产过程中，采用微波辅助水萃取技术处理果皮原料后，可大大降低有机萃取剂的用量，石油醚、正己烷、异丙醇的使用量只有背景技术的1/5～1/3，且回收率高，达到95％以上。