本发明公开了一种有机硅季铵盐杀菌剂的制备方法，步骤是：无水硫酸钠脱水；然后加入到无水乙醇中，搅拌制备完全脱水的无水乙醇，备用；搅拌下，将二甲基十八叔胺加入到上述完全脱水的无水乙醇中直至其溶解，然后再缓慢滴加γ－氯丙基三乙氧基硅烷，并搅拌均匀；再加入催化剂，升温反应，并当反应70小时后，每5小时测定一次[Cl^－]含量，以二甲基十八叔胺为基准，计算反应完全程度，反应至98％即为完全，继续反应10小时，得有机硅季铵盐，降温至室温，用冰乙酸调上述有机硅季铵盐的pH至7，以重量百分比计；用上述完全脱水的无水乙醇调其浓度至40％，即得有机硅季铵盐杀菌剂。本发明的方法工艺简便，原料价廉易得，且纯度高，产量大，适合工业化生产。