本发明公开一种酶法水解褐藻制备岩藻聚糖硫酸酯的方法，是将纤维素酶和果胶酶，按重量比例为2～6∶1配制成复合纤维素酶；以褐藻为原料，向原料中加入原料重量10～20倍的水，并加入原料重量0.23～0.34％的复合纤维素酶，在pH为6.0～8.0的条件下酶解50～80分钟，然后以90～100℃水浴加热3～4小时，降至室温，离心得上清液；在上清液中加入乙醇产生沉淀，离心得上清液；在c步骤所得上清液中加入乙醇产生沉淀，收集沉淀；乙醚清洗沉淀，真空冷冻干燥沉淀得白色粉末。克服了现有酸解法破坏性大、污染严重的缺点，对提取后所剩原料的综合利用价值无任何影响；同时其目的性强，提取率高，其提取率在现有技术的基础上提高0.37～2.40％；所配制的复合纤维素酶价格低廉，降低了提取岩藻聚糖硫酸酯的成本。