本发明公开了一种降解燃料油中含硫杂环化合物的细菌菌株及其用途。该菌株属于微杆菌属(Microbacteriumsp.)；呈略弯曲的杆状，0.2×0.5－1.1mm；无芽孢，无夹膜；革兰氏阳性菌株，好氧。本发明采用生物脱硫技术，利用该菌株作为生物催化剂，在常温常压下去除燃料油中杂环化合物中的硫；细菌的生存是以硫而不是碳为能源。该菌株代谢二苯并噻吩基本遵循“4S途径”，不损失油的热值，同时有另外两种新产物2－甲氧基联苯和联苯生成，能部分消除2－甲氧基联苯对酶的抑制和对细胞的毒害，更有利于生物脱硫。该菌株还能脱除燃料油中的噻吩、苯并噻吩、二苯硫醚和4，6－二甲基二苯并噻吩等含硫有机化合物。