本发明公开了一种聚硅酸－壳聚糖复合絮凝剂，其组成为：壳聚糖0.1～15g/l，聚硅酸以SiO₂计为2～30g/l，壳聚糖/聚硅酸(以SiO₂计)为0.01－2。本发明还公开了该复合絮凝剂的制备方法，将水玻璃稀释后滴加到盐酸溶液中，酸性条件下20～80℃下恒pH反应2小时以上，用盐酸调节pH至0.5～2，充分搅拌，同时缓慢滴加壳聚糖－乙酸溶液，使得CTS/SiO₂的质量比为0.01～2，在40～80℃下熟化制得复合絮凝剂。本发明絮凝剂兼具聚硅酸和壳聚糖两者特性，同时具备静电中和、吸附架桥及网捕功能，对水中悬浮物具有良好的絮凝效果，能处理水中铜、锌、镍、锰，并对Ca²⁺有一定的抗干扰能力，能作为絮凝剂和重金属处理剂应用于水处理中。