本发明涉及一种涉密设备电子监管系统和监管方法，涉密设备附加有电子标签，电子标签包含涉密设备相关信息，这些信息由电子标签解读装置识别和解读；指纹识别装置采集授权监管人指纹信息，完成指纹特征存储及分级授权，在涉密设备的电子标签和授权监管人之间建立一一对应的管理关系，在涉密设备使用或传递过程中，当涉密设备通过监控通道时，涉密设备电子监管系统会自动提示携带人员提交指纹，涉密设备电子监管系统会自动核对涉密设备授权监管人的授权信息和注册指纹，当指纹、涉密设备电子标签、授权级三者相符时，系统则提示放行，不符时会给出警示或提出处理意见。本发明加强了涉密设备的管理安全和管理的透明度，避免了安全信息设备交叉使用、整体转移、信息及信息设备损毁的情况发生。