一种通过外部装置的输入装置控制计算机的系统及方法，该系统包括一计算机及一便携式电子装置。该方法包括如下步骤：当一便携式电子装置与一计算机连接时，提供一控制计算机模式；处于控制计算机模式时，便携式电子装置解析输入装置根据用户操作产生的操作信号为一控制指令，并通过其通讯接口发送至该计算机；及计算机根据该控制指令执行相对应的操作。本发明可通过便携式电子装置的输入装置控制计算机，从而方便用户操作。