本发明涉及连接机构领域，尤其涉及一种电机输出轴连接器。一种电机输出轴连接器包括电机组件和柔性轴组件，上述电机组件包括电机支架、电机轴与电机支架固持的法兰盘和套设在电机轴外侧的转换连接轴，上述柔性轴组件包括柔性轴、套设在柔性轴外侧的且两端开口的短连接轴和连接柄，柔性轴包括内芯和外套，上述内芯与电机轴在转换连接轴内连接。本发明电机输出轴连接器通过设置法兰盘和连接柄，使得不打开使用该电机输出轴连接器的排痰机的外壳也能够方便的拆卸柔性轴组件维修和装配。