本发明提供一种富营养化河、湖水体与初期雨水复合人工湿地处理系统，包括双通道进水单元、植物－砾石过滤沉淀单元和强化水平潜流处理单元三个部分，三个单元依次串联而成。富营养化河、湖水体和初期雨水通过双通道进水单元分别收集后进入植物－砾石过滤沉淀单元，然后再流经强化水平潜流处理单元，最后出水。该系统建于河、湖岸边，对富营养化河、湖水体和初期雨水进行联合处理，可以防止没有初期雨水导致的植物干枯，有效去除悬浮物，成本低、防渗效果好、经久耐用。处理单元内种植芦苇、香蒲、鸢尾等水生植物，对污染物去除效率高，同时具有很好的景观效果。