本发明涉及一种用于治疗胆道系统疾患的药物组合物及其制备方法，以及组合物用于制备治疗胆道系统疾患药物中的应用。所述组合物由以下重量份数的组分制成：木香90－270、厚朴54－162、枳壳72－216、郁金54－162、栀子54－162、茵陈90－270、大黄72－216、虎杖72－216和芒硝18－54。所述组合物具有排石利胆、清热通腑、抗菌消炎等作用，可广泛用于治疗胆道系统疾患。并可降低胆道疾患的手术率，很好控制胆道疾患手术所致感染，减少手术并发症，以及减少抗生素的应用，很好的减轻病人的痛苦和经济负担。该组合物不仅疗效显著，且无毒副作用。