本发明公开了一种微波辅助催化脱除二氧化硫和氮氧化物的方法。其特征在于：新型催化剂以金属氧化物作为催化剂的主要活性成分和微波的吸波剂、以活性炭作为催化剂的载体。在模拟烟气条件下，催化剂在微波场下催化氧化二氧化硫和氮氧化物，催化产物再与水汽和氨吸收反应得到硫酸铵和硝酸铵复合肥。本发明可同时高效率脱除二氧化硫和氮氧化物，副产物可以回收利用，不产生废水、废渣等二次污染；工艺简单，操作方便，过程易于控制；投资省、能耗低、催化剂价廉易得、运行成本小；系统运行稳定，不存在“灰棒”问题。