一种实现多个FPGA映像文件串行下载的系统及其相关计算机，其系统包括一CPU和若干个FPGA，每个FPGA通过n根信号线与所述CPU相连，CPU按信号类型分配n个寄存器，且FPGA的同类型信号依次排列在相应寄存器的各数位上；CPU还包含一发送/接收处理单元，用于发送FPGA映像文件时，将各个FPGA映像文件的相同数位上的相关类型信号数据组成一个数据，然后写到相应信号类型的寄存器的各数据位中；同时，用于读取信号数据时，将相关信号类型寄存器中所有数据位一起读出，分离后即可获得下载后的各FPGA真实数据。本发明通过合理的硬件设计，优化分配串行下载引脚，实现多个FPGA映像的同时串行下载，其时间与下载一个FPGA映像几乎相等，从而节省了系统的启动时间。