根据本发明，提出了一种自行修复嵌入式设备的主控应用程序的方法，包括以下步骤：判断是否存在来自用户的特定硬件输入；在存在特定硬件输入的情况下，启动修复过程；在启动所述修复过程之后，所述修复过程读取用户不可访问的专用存储区中的主控应用程序代码备份并覆写到主控应用程序的存储区，并且屏蔽主控应用程序存储区中发生损坏的存储部分。