本发明提供一种确认一程序代码的计算机系统及方法。此计算机系统包含一存储器，供储存一程序代码与一认证序列，其中认证序列根据一预定算法而对应于一原始程序代码；一控制器，与存储器连结，供根据程序代码而执行一应用程序；以及一判断电路，用以接收程序代码与认证序列，且根据预定算法对程序代码进行运算而产生一运算结果；其中，判断电路藉认证序列及运算结果，而产生一判断结果，并依判断结果传送一判断讯息至控制器。