使用手术装置治疗组织的方法和系统，所述方法包括以下步骤：显示由成像装置收集成像数据而产生的图像，从所述图像选择至少一个组织靶标，在至少一次呼吸循环期间收集图像数据和跟踪所述组织靶标，确定所述组织靶标的驻留位置以及显示在所述驻留位置的所述组织靶标收集的图像数据产生的图像。所述方法进一步包括：确定手术装置相对于驻留位置的位置和方向，指示显示屏上手术装置的轨迹。所述方法可以进一步包括的步骤是：监视呼吸循环，指示何时所述组织靶标正接近所述驻留位置，基于所述驻留位置和轨迹在患者中定位手术装置以及治疗所述组织靶标。