本发明公开了一种磁盘阵列的控制器及其工作方法，其主要构造包括有一接收模块、一拆分模块、一排序模块、一收发器、一拆分缓存器及一排序缓存器。其中，拆分模块可将接收模块所接收的读写命令拆分成数个子命令，且以一双向链表的方式储存于拆分缓存器内，再借助排序模块分析各子命令的执行顺序，并执行一优化排序程序，且将优化结果以双向链表的方式储存于排序缓存器内，最后再借助收发器将排序后的子命令分别传送给磁盘阵列中对应的数据储存器，从而有效提升磁盘阵列的读写速率。