本发明公开了一种基于独立成份空间相关性消除功能磁共振数据噪声的方法，先对图像的灰质区域和脑脊液区域进行图像分割，分别对其进行主成份分析、频谱分析，确定并消除主成分分量中的随机噪声成分，重建消除随机噪声后的灰质数据和脑脊液数据，对重建后数据进行独立成份分解，利用独立成份分别构造矩阵，再进行典型相关分后，排序，将这些成分置零后得到一组新的独立成份，重建消除各种噪声成份后的数据，重复以上步骤直至消除各层灰质数据与脑脊液数据中相关最大的各种噪声成分。本发明能够有效地消除多层功能磁共振数据中生理噪声，能够消除与脑脊液区域数据中相关最大的其它低频噪声成份，较好地实现了多层功能磁共振数据中噪声的消除。