本发明公开了一种制药废水的生殖毒性检测与评价方法，主要进程如下：以制药厂生产废水为测试废水，以小鼠为受试生物，通过经口灌胃对小鼠进行染毒；测试期满后观察小鼠精子形态、计算精子畸形率；测定各类生精细胞百分率，将染毒组数据与对照组进行差异显著性检验；用检验结果来评价制药废水对小鼠精子毒性。本发明可以简便、准确的检测生殖毒性进而评价其生物毒性。可以准确的检测与评估合成制药废水中POPs和EH对小鼠精子的毒性，研究合成制药废水安全浓度与剂量，为制定相应的废水排放标准提供可靠的基础数据。本发明不仅适用于合成制药废水的生物分子毒性检测，也适用于其它有毒有机废水毒性的检测与评估。