用于选择性清除存储子系统中的持久数据的方法，包括：标识要清除的一个或多个元数据轨道；从客户端接收清除所标识的元数据轨道的请求；将该请求传递到存储设备驱动器；和清除所标识的元数据轨道。要被清除的元数据轨道可由与要被清除的元数据相关联的特定存储功能或与元数据相关联的特定存储目标标识。或者，可指定存储功能和存储目标两者。最好可执行清除一个或多个所标识的元数据轨道的请求而不影响无关的存储功能。另外，可在保持与所标识元数据轨道无关的元数据轨道的同时执行请求。根据本发明执行选择性清除所标识全局元数据轨道的请求不会导致配置信息的丢失，并无需重启系统。可在存储系统正在运行的任何时间点执行上述请求。