本发明是提供一种净水杀菌装置，包括有一杀菌水槽、一流量计及一灯管驱动器。该杀菌水槽内是设有一紫外光灯管，该杀菌水槽一侧端是设有一进水口，而杀菌水槽另一侧端是设有一出水口；该流量计是设置于该杀菌水槽的进水口前段，以提供水流量信号；该灯管驱动器是与流量计连接，该灯管驱动器内是配设有一可程序化的单芯片，以接收流量计的水流量信号，而用流量大小或压力差作为控制信号，以供调整紫外光灯管的发光强度，达到线性输出；通过此，以节省耗能与电费，使具有高功率、低成本及完善的杀菌效果。