本发明涉及一种以芸苔属蔬菜为原料制备莱菔硫烷的方法。本发明的方法将芸苔属蔬菜的种子、花、茎、叶粉碎后，利用植物自身的芥子硫苷酸酶在特定pH值下水解，采用乙酸乙酯萃取，硅胶吸附，乙酸乙酯除杂，异丙醇、乙醇、异丙醇与石油醚、或乙醇与石油醚的混合溶液洗脱莱菔硫烷，从而有效地提高莱菔硫烷的含量。本方法原料适用范围广，无需添加外源的芥子硫苷酸酶，降低了生产成本，简化了提取纯化工艺，易于自动化操作，适合大规模工业生产。