本发明是有关于一种移动柜式水处理系统，包括：一第一柜体，其中设有一收集槽与一包含有复数个多孔性生物担体的调匀槽，其间是以一管路相通；以及一第二柜体，其中设有一生物反应槽与一放流槽，其间以一连通管相接；其中，第一柜体的收集槽是接收一欲处理的水体；第二柜体的生物反应槽是含一无氧段、一好氧段以及一含复数个生物性薄膜的模组段，且无氧段是以一输送管与第一柜体的调匀槽相接。本发明可移动整个水处理系统至需要进行水质处理的定点，具有高机动性，且所需的空间不大，符合业界实际状况。