本发明公开了一种文件存储同步方法、系统及客户端，用以解决现有技术中用户在修改本地文件后，必须手动上传修改后的本地文件，才能使本地文件与网络侧服务器中相应的备份文件保持同步问题。本发明中客户端将用户选择的需要备份的本地文件上传给服务器端，服务器端保存所述文件，同时生成相应的文件索引信息返回给客户端，客户端以用户的标识信息为索引，保存所述上传文件的本地存储路径与其服务器端文件索引信息的对应关系；客户端检测到所述用户标识信息对应的本地已上传文件被修改时，将修改后的文件及其文件索引信息发送给服务器端，更新服务器端相应的备份文件。本发明实现了本地文件与相应的服务器端备份文件的自动同步。