本发明提供一种网上协议缴费系统及方法，所述方法包括：缴费协议签订步骤：登录网上商城的客户终端向商城服务装置发送签订缴费协议的请求，商城服务装置接收所述请求，并将包括客户登录标识的协议请求信息发送至网上银行，以对客户的银行卡帐户进行验证，银行认证通过后，将认证的结果数据通过商城服务装置发送至客户终端，实现客户登录标识与客户缴费的银行帐户之间的关联，从而完成缴费协议的签订；缴费步骤：登录商城的客户终端向所述商城服务装置发送缴费请求，商城服务装置转发缴费请求至网上银行，网上银行根据缴费请求信息，代客户向商城进行缴费处理，并将处理结果由商城服务装置反馈至客户终端。本发明既安全又方便。