本发明提供了一种可以灵活扩展SoC系统在线调试的方法。在SoB(System on a Board)及嵌入式系统程序开发过程中，将已有IP核的串口资源进行扩展，并设置选择，利用FPGA可重复配置的便利性，使得用户可以根据FPGA仿真板的结构任意选择目标系统的调试方式，即JTAG方式或者串口方式。当选择串口方式调试时利用扩展的串口，不占用目标系统的串口资源。当程序调试完毕可以即时将程序写入目标存储器中。这样在使用不同IP核时即可以有针对的选择程序调试方式，实现了在线调试的同时又不会占用目标系统的串口资源，提高了程序调试效率。