本发明涉及用于进行多阶段扩增反应的系统、方法和设备，特别是在流体封闭条件下。一方面，本发明的方法在流体封闭反应系统中进行，所述系统使得能够分离一部分的第一(或在前)反应混合物，并且将其用作第二(或随后)反应混合物中的样品或标本，由此基本上避免仅简单地将两种反应混合物混合在一起时第一反应组分对第二反应可能造成的干扰影响。在该方面，可以将本发明的系统、方法和设备用于任何扩增反应，该扩增反应允许基于使用嵌套引物的多阶段扩增。