提供了修复多核苷酸的方法和组合物，从而可以在例如扩增反应中以改进的保真性和产量有效合成多核苷酸。这涉及应用含有连接酶和选自NAD+或ATP的辅因子的反应混合物以及在核酸内切酶VI不存在的情况下将多核苷酸与反应混合物温育。反应混合物还可以包括AP核酸内切酶和聚合酶。这些酶任选地根据其抵抗高温的能力被选择，因而它们可以被包含在扩增混合物中。反应混合物可以在多核苷酸合成反应之前被应用，在此情况下可以应用非嗜热性酶。修复反应对于在酶混合物中的温育的秒数、分钟数或小时数并不是时间敏感性的。