一种鉴定样本中是否存在单链靶多核苷酸的方法，包括如下步骤：(i)杂交条件下使靶多核苷酸与至少第一种和第二种多核苷酸探针相接触，其中每种多核苷酸探针包含与所述靶多核苷酸的相邻非重叠区互补的第一区域；(ii)将杂交至所述靶多核苷酸的那些第一种和第二种多核苷酸连接在一起；(iii)任选扩增任何连接的多核苷酸；和(iv)通过检测任何连接的多核苷酸，测定所述靶多核苷酸是否存在于原始样本中，其中所述第一种和第二种多核苷酸中的至少一种包含具有确定多核苷酸序列的第二区域，并且所述第一区域的每个单独核苷酸由所述第二区域的至少两个核苷酸表示，并通过测定所述第一种和第二种多核苷酸探针中的至少一种的第二区域来鉴定所连接多核苷酸。