本发明公开了抗菌医用敷料的制造方法，包括采用壳聚糖纤维经碱化生成碱壳聚糖纤维再与氯乙酸进行醚化反应，制成羧甲基壳聚糖纤维，再经开松、成网、针刺制成敷料。或者先把壳聚糖纤维经无纺布加工处理制成壳聚糖无纺布，再对此敷料进行羧甲基化反应，并裁切、包装、消毒，得到羧甲基壳聚糖抗菌医用敷料。本发明还公开了用上述方法制备的抗菌医用敷料的用途。本发明适用于外科创伤、烧伤、烫伤及其他慢性伤口等，覆盖创面可防止体液中的水分损失，为伤口愈合提供一个积极的湿润环境，并保持创面不积液，无浸蚀，隔绝细菌感染，并可起到消炎、止血、镇痛，促进组织愈合的作用。