本发明公开一种设定程序管理方法，应用在数据处理装置中，该设定程序管理方法先设定管理每一个外围设备的配置存储模块设定程序的管理代码，在该数据处理装置进行该检测程序、且检测到配置存储模块时，判断该外围设备的配置存储模块所对应的识别代码是否与管理者所设定的识别代码相同，若是，则禁止对应该启用代码的配置存储模块设定程序，若否，则激活对应该启用代码的配置存储模块设定程序。本发明的设定程序管理方法提高配置设定程序的安全性，实现了安全管控的目的，通过同时间仅利用单一设定程序进行配置设定程序的方式，使用者在使用上不致混淆。