本发明公开一种控制硬盘依序启动的系统，应用在至少具有第一组硬盘及第二组硬盘的电子系统中，该系统主要是包括电源供应模块、至少一处理模块以及至少一控制模块。本发明的控制硬盘依序启动的系统控制启动硬盘产生的总电源信号值(电流信号值)不会超过电源模块的过电流保护值，可确保系统正常开机，避免现有系统硬盘同时启动总电流值超过电源供应装置的过电流保护值使系统无法正常开机、电源装置烧毁、更换专用电源装置引起的成本增加等诸多缺失；当上述第二组硬盘处于禁止状态时，不向第二组硬盘提供电源信号，可节省电源；本发明也可依据实际电性设计需要增加处理模块的个数以满足系统硬盘增加的需求，进而可提升设计弹性。