本发明提供一种自封式高温生化反应装置及其方法。本发明的自封式高温生化反应装置包含一微流管道，是具有一主流道腔体、一入口次流道及一出口次流道。该主流道腔体的一入口端及一出口端分别连通于该入口次流道及该出口次流道，并且该入口次流道及该出口次流道的内径是小于该主流道腔体内径。本发明方法是通过生化反应过程中控制主流道腔体与该等次流道的温度梯度，使在高温反应时微流体本身成为自封材料，以封住该等次流道开口，以使微流体在高温生化反应时不会大量挥发而影响生化反应。