本发明公开了一种畜禽粪便无害化处理制造有机基质肥料的方法，属粪便的无害化处理及肥料的制造方法。利用烟碱和发酵过程的高温杀死大肠杆菌、沙门氏菌和寄生虫卵来达到畜禽粪便的无害化处理。本发明以畜禽粪便、尿为基本质材，利用卷烟厂的废弃烟末调节pH值，以食品厂提取茶多酚后的废弃茶渣调节孔隙度，以米厂的废弃物飞糠调节水份含量，实施科学的配制与工艺。由废弃烟末、茶渣、飞糠、畜禽粪便，按比例的配方经混合均匀，堆制发酵，翻堆再发酵腐熟连续三次，不需消耗煤电能源即可干燥成为有机基质肥料。本发明的肥料组分：有机质≥35，氮磷钾总量≥4，pH值7.5－9.0，水份26－35；其成品的pH值为7.5－9.0，特别适用于南方酸性土壤的改良。