本发明涉及一种毛细管液相色谱柱及其制备方法，它包括一无需粘接的整根弹性石英毛细管，其特征在于：所述毛细管内的中部设置有由有机聚合物原位聚合形成且经弱酸阳离子改性的整体固定相，所述固定相的下游设置有去掉表面聚酰亚胺涂层的检测窗口。本发明的制备方法包括：(1)对弹性石英毛细管内壁进行常规预处理；(2)用单体混合物、致孔剂混合物和引发剂制作整体固定相基体；(3)用改性剂对固定相基体进行改性，得到弱酸性阳离子交换整体固定相；(4)制作检测窗口，得到本发明弱酸性阳离子交换毛细管液相色谱柱。本发明产品价格低廉，制备条件易于控制，重现性好，同时本发明材料结构本身与生物样品具有很好的相容性，特别适用于生物大分子样品的分离分析，在蛋白组学的研究中具有广阔的应用前景。