存储系统、加密通道切换系统及其程序和记录介质。在存储系统中，服务器、存储装置、以及加密装置连接到结构交换器的端口。服务器的加密管理软件基于从外部输入到加密设置信息存储单元并存储在加密设置信息存储单元中的加密设置信息，执行对结构交换器的端口的连接设置，以使得其上执行加密的从服务器到存储器的通道经过加密装置、并且使得其上不执行加密的通道不经过加密装置。仅仅通过改变加密设置信息就可以自由地切换其上执行加密的通道。