本发明提供的是一种肠道微生态制剂及其制备方法。每100g产品中含有两歧双歧杆菌1.0g－20.0、嗜酸乳杆菌1.0－25.0g、嗜热链球菌1.0－25.0g、德氏乳杆菌保加利亚亚种1.0－25.0g、酵母菌1.0－35.0g以及低聚异麦芽糖、低聚果糖、多种维生素。两歧双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、嗜热链球菌、德氏乳杆菌保加利亚亚种、枯草芽胞杆菌、纳豆芽胞杆菌、啤酒酵母经培养、活菌离心洗涤、添加保护剂、微胶囊包埋、冷冻干燥配制成产品。此产品能提高肠道中的益生菌的数量，改善微生态环境，防止有害菌的滋生，增强肠道的抗病能力，润肠通便，保证肠道处于一种健康状态，促进人体键健康。本制备方法能更有效的保证益生菌活菌的数量和益生菌的活性以及益生菌的保藏时间。