本发明涉及一种船舶吨位智能测量系统及测量方法，测量系统包括设置在航道测量段两端岸壁上的各至少2个红外线传感器；设置在航道测量段两侧河床壁上的声纳阵列；设置在航道测量段上方和侧面的各一个图像拍摄装置；一用于控制声纳扫描、并将接收到的由红外线传感器输出的信号和声纳的信号发送到计算机的信号处理电路；图像拍摄装置采集的图像信息直接发送到计算机。本发明能及时准确地测量出船舶的总吨位、净吨位和实际装载吨位，相对于目前依靠人工观察、粗略估计的方法，具有自动化程度高，测量准确，效率高等优点，从而有助于航运部门实现自动化作业，提高统计数据的准确性，提高工作效率，提高航运业的智能化水平。