本发明是基于液相芯片检测禽流感病毒H5N1亚型的方法，其利用液相芯片技术，运用生物信息学知识和相关的生物信息学软件，对在核酸序列库中能够检索到的所有的H5、N1血清亚型核酸序列进行同源性分析，找出保守区域，设计出针对禽流感病毒H5和N1基因片断的简并引物和特异性探针，特异性探针通过与荧光编码微球进行偶联制成特异性检测微球，即液相芯片；液相芯片能够特异性的识别禽流感病毒H5和N1基因片断，通过两轮PCR反应，并通过液相芯片检测仪读出检测结果。本发明能够对禽流感病毒H5N1亚型进行快速检测和进行早期诊断，并为开发出检测H5N1亚型和其它各种亚型流感病毒更为快速有效的方法提供了一条广阔的前景。