一种遥控多层采水装置，用于从船只上深入水下采水，其包括一通过钢缆挂在船上绞车上的机架以及设于机架内的多个采水器，采水器采用电磁阀控制闭合，还包括设于船上的水上控制器，根据操作发出控制指令编码；水上信号调制解调单元，与水上控制器连接，将指令编码调制为超声载波信号输出，获取来自水下的超声载波信号并解调输出；以及设于机架内的水下信号调制解调单元，获取来自水上的超声载波信号并解调输出，将来自水下的信息编码调制为超声载波信号输出；深度传感器，测量水深；水下控制器，与采水器的电磁阀、水下信号调制解调单元、深度传感器以及可通过备用接口与流速流向仪连接，获取水下信息并传输给水上控制器，控制电磁阀关闭采水器。