本发明公开了一种电子文档的许可认证方法和系统，它能方便地在任何地点阅读受保护的电子文档，也保证在未授权时电子文档不能被阅读。本发明的技术方案为：用户将绑定有受保护的电子文档的便携式硬件设备连接在计算机上成为一客户端，该便携式硬件设备具有唯一的硬件特征，用户通过计算机输入用户标记，该客户端将硬件特征、输入的用户标记和该电子文档标识号提交至服务器，服务器上存储了授权便携式硬件设备的硬件特征、授权用户的用户标记、绑定的电子文档标识号和授权许可之间的关联映射集合，在集合中匹配查找以验证是否存在客户端对应的授权许可，若存在则授予该用户阅读权限，否则锁住阅读权限。本发明应用于电子文档的许可认证领域。