养殖暗纹东方鲀纯系的建立和选育方法：1)在同一个家系的亲鱼中，优选出活力强、身体特征正常，体重大于平均体重15～20％的亲鱼，作为备选亲鱼，选择强度为10～20％，每一只雌鱼自产卵开始选出产卵量大、孵化率高的个体作为备选家系，自产卵至育苗、养成，每一条鱼的后代都分别饲养并选留优良自交家系，作为下一代选育的基本家系；2)生长发育的关键时期：幼鱼期、商品鱼期、成熟前期三个阶段为纯系选育关键时期，进行优选；3)重复步骤1)－2)三到五个周期，通过暗纹东方鲀家系内雌雄鱼的近交，建立养殖暗纹东方鲀纯系。本发明优点为：通过暗纹东方鲀家系内雌雄鱼的近交，可以研究暗纹东方鲀的遗传学特性和品种分化状况。