本发明公开了一种板蓝根的提纯方法，其包括将按常规方法制得的板蓝根水提醇沉液进行阳离子树脂柱层析，分别收集滤过液及洗脱液A，将该滤过液再进行大孔树脂柱层析处理，收集洗脱液B，然后将洗脱液A和B分别除去溶剂后合并；其中上述阳离子树脂柱层析和大孔树脂柱层析的先后顺序可以互换。本发明也公开了一种由该法制得的板蓝根提取物及其药物组合物。采用本发明的提纯方法，大大提高了板蓝根提取物中有效成分结合氨基酸类和核苷类成分的百分含量，在50％以上(以干燥固形物计)。