一种基于桥机效率的集装箱船舶实时配载系统及方法，包括配载知识库，装载作业序列分析引擎，配载动态数据库，产生预配载计划，产生实配计划，建立装箱作业序列表，装箱序列实时跟踪。配载人员根据港口、箱型、尺寸和重量等级将集装箱划分mask，系统计算出决策所需的参数后，开始自动决策。首先，以减少翻箱量，并避免轮胎吊跨场地调度为基本原则，为当前的segments选出作为出箱点的区块；其次，利用线性规划模型确定具体每个出箱区在当前决策时间段内所出mask j的箱量Q_Out_k，j；然后，确定合适的轮胎吊出箱策略，以保证各个桥吊在任何时段总有相应数目的轮胎吊在为其供箱，并均衡各轮胎吊工作，减少轮胎吊移动。