本发明涉及一种生物催化制备含苹果酸单元的功能性聚酯的方法。该方法以二元醇和苹果酸为单体，利用脂肪酶催化二元醇与苹果酸的直接缩合聚合反应，制备得到含苹果酸单元的功能性聚酯，本发明的单体体系中还可引入二元酸，二元酸可调整聚合物链的组成和结构，在较大范围内改变含苹果酸单元的功能性聚酯的各种性能。本发明的方法具有反应体系简单、反应条件温和、对环境友好、反应具有选择性和可控性、反应过程易实施、产物易从反应混合体系中分离的优点。