本发明涉及一种双因子动态密码认证的方法及系统。其方法是：使用前，用户应在网络业务机构申请备案，在网络客户资料数据库中存储用户识别码、用户的短信接收号码和客户密码；使用中：先通过用户计算机输入用户识别码，通过短信获得随机密码；用户再将客户密码和随机密码输入用户计算机，由用户计算机进行单向加密运算，将结果传输到登录认证服务器；登录认证服务器也将调取的客户密码和随机密码进行单向加密运算，并将两个结果进行比较；结果一致，用户身份将被确认，终端则接受用户的操作指令。实现上述方法的系统除了包括用户计算机、网络服务器、网络客户资料数据库服务器和终端外，还包括登录认证服务器、基站和用户手机。