本发明公开了一种高铁锌小麦的育种方法，该方法将在秦巴山区海拔1300多米的中山区采集到的野生紫粒小麦孑遗种ZL93在陕南秦巴山区旱地和关中水浇地间交替选育，即将海拔在1000米以上的陕南秦巴山区旱地种植的ZL93自交系翌年移到海拔500米左右的关中水浇地种植；将海拔500米左右的关中水浇地种植的ZL93自交系翌年移到海拔1000米以上的陕南秦巴山区旱地种植，每年度轮换一次；再对ZL93自交系的优选株经连续两个育种年度自交二次后，选育出ZL93－1品系；然后通过对ZL93－1品系再进行连续两个育种年度轮换自交二次，选出ZL93－1－1品系，即为高铁锌小麦。该方法选育的高铁锌小麦，为提高人民身体健康水平，促进农民稳定增收和发展特色农业，特别是提高我国农产品的国际竞争能力有重要作用。