一种萝卜红色素及异硫氰酸酯的制备方法，涉及天然植物红色素及异硫氰酸酯的制备方法。本发明以“心里美”萝卜为原料，经破碎加热、超滤、萃取分离、真空浓缩及冷冻干燥等工序制备萝卜红色素。在制备萝卜红色素的过程中，对收集的异硫氰酸酯萃取液，加稀碱水反萃取分离、阴离子交换等，制备出异硫氰酸酯。同时再生萃取剂及阴离子交换树脂再使用。本发明主要具有综合利用资源，减少废物及废水的排放，有利于环境保护，节约资源及能源，生产工艺简单，设备简单等特点。采用本发明方法制备出的萝卜红色素和萝卜异硫氰酸酯质量高，又是食品的天然添加剂，市场竞争力强。本发明可广泛应用于食品的着色及抗癌作用的功能性食品等。