本发明提供了一种基于用户控制的账户安全支付方法，包括以下步骤：在交易服务器中，将特殊账户持有人的账户资金分成至少两个部分，分别存储在两类物理介质存贮器上，在第一类存储器上存储的账户资金不可直接作为支付用途，在第二类存储器上存储的账户资金可以直接作为支付用途；一旦有资金存入该账户，则将存入资金记录在该账户的第一类存储器中；特殊账户持有人发送请求信号给交易服务器，将指定数量的资金从第一类存储器中转移到第二类存储器中；一旦从上述账户中支出资金，则在上述账户的第二类存储器中支付。根据上述方法设计了一种基于用户控制的账户安全支付系统。本方法和系统可以广泛应用于金融机构的安全支付业务中。