本发明揭示一种含生物传感器的硬盘装置及其储存数据的保护方法，该硬盘装置主要包含连接至一终端主机的一主机接口、连接至主机接口的一控制模块、以及连接至控制模块的一生物传感器及一硬盘。控制模块的韧体与终端主机交握沟通，并使终端主机自动下载硬盘中的生物应用程序及模板生物数据。接着，控制模块接收一感测指令，以控制生物传感器读取待辨识使用者的待辨识生物数据，并将待辨识生物数据传送至终端主机中。然后，控制模块接收终端主机所发出的一对比结果，并在对比结果代表对比通过时，使保密区块致能以供终端主机存取，否则使保密区块禁能以防止终端主机存取。本发明可在不大幅增加该硬盘装置的成本下，来提供含生物传感器的硬盘装置。